Le document d’objectifs propose des aménagements à réaliser en faveur des milieux naturels. Les propriétaires et gestionnaires souhaitant mettre en œuvre ces aménagements peuvent être aidés financièrement en signant un contrat Natura 2000.

Ils servent à aider financièrement les propriétaires et locataires de parcelles incluses dans un site Natura 2000 à réaliser les aménagements proposés dans le document d’objectifs.
 
Ce contrat, d’une durée minimale de 5 ans, est signé entre l’État et le bénéficiaire. Le bénéficiaire du contrat est la personne physique ou morale titulaire de droits réels ou personnels conférant la jouissance des parcelles incluses dans le site. Il sera donc le propriétaire ou le locataire disposant d’un mandat le qualifiant pour intervenir juridiquement.