En application de la directive européenne Habitats, qui a pour objet de protéger la faune (à l’exception des oiseaux) et la flore sauvages, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales et culturelles, et de la directive Oiseaux, qui a pour objet de protéger les espèces d’oiseaux sauvages, chaque État membre de l’Union européenne doit s’engager à préserver, sur son territoire, des espaces naturels et des espèces considérés comme menacés à l’échelle européenne. 

Dans ce cadre, le Parc conduit un travail de concertation pour la préservation de six sites d’intérêt environnemental européen dans le Perche

Les sites Natura 2000 sont composés de propriétés publiques et privées qui accueillent des milieux naturels qu’il convient de préserver dans le respect des droits du propriétaire. Ce ne sont ni des sanctuaires de nature, ni des territoires gérés par une administration.

Un site Natura 2000 est-il inscrit au POS ou au PLU d’une commune. Seul le propriétaire peut autoriser l’accès à ses parcelles. La chasse y est autorisée(ordonnance n° 2001-321 du 11 avril 2001), de même que l’exploitation des ressources naturelles (agriculture, sylviculture…).

Le Parc est opérateur pour six sites dans le Perche et doit rédiger six documents d’objectifs. Pour cette mission, il travaille également avec des communes ne faisant pas partie du Parc. Le document d’objectifs propose des aménagements à réaliser en faveur des milieux naturels.

Les propriétaires et gestionnaires souhaitant mettre en œuvre ces aménagements peuvent être aidés financièrement en signant un contrat Natura 2000.